本作是任天堂与Square Enix联合开发的游戏，正如游戏名为《马里奥篮球 3对3》，本作两方都可以上3名球员，基本规则与普通的篮球相同。玩家需要用十字键控制人物的跑动，用触摸屏来实现控球，传球以及投篮的动作。例如，连续点击触摸屏做出快速带球的动作。使用触摸笔横向移动就可以实现传球等等，相比普通的篮球游戏操作更自由，但是同时失误的概率也会增大。

　　本作既然是《马里奥》系列的作品，就注定了不会是传统意义上的篮球游戏，在篮球场内，有着大量的道具可以获得，其中包括了龟壳，炸弹等《马里奥》系列的经典道具，玩家可以使用这些道具攻击对方。

　　本作对应无线网络，可以支持2人连线对战，另外，本作还加入了许多小游戏，这些小游戏可以支持4人同时游戏。